hydroTSM - Time series management, analysis and interpolation for hydrological modelling
RForge.net

hydroTSM

About hydroTSM
GIT access
Download/Files
News
Check results
Package R docs

new

About hydroTSM

What is hydroTSM ?
         hydroTSM is an R package that provides S3 functions for management, analysis, interpolation and plotting of time series used in hydrology and related environmental sciences. In particular, this package is highly oriented to hydrological modelling tasks.

The focus of this package has been put in providing a collection of tools useful for the daily work of hydrologists (although an effort was made to optimize each function as much as possible, functionality has had priority over speed).

Bugs / comments / questions / collaboration of any kind are very welcomed, and in particular, datasets that can be included in this package for academic purposes.

Installation

# Stable version
install.
packages("hydroTSM")

# Latest (under-development) release
install.packages("hydroTSM",, "http://rforge.net/", type="source")

Package Description

Package:hydroTSM
Version:0.4-2-14
Title:Time Series Management, Analysis and Interpolation for Hydrological Modelling
Author:Mauricio Zambrano-Bigiarini [aut, cre, cph]
Maintainer:Mauricio Zambrano-Bigiarini
Description:S3 functions for management, analysis, interpolation and plotting of time series used in hydrology and related environmental sciences. In particular, this package is highly oriented to hydrological modelling tasks. The focus of this package has been put in providing a collection of tools useful for the daily work of hydrologists (although an effort was made to optimise each function as much as possible, functionality has had priority over speed). Bugs / comments / questions / collaboration of any kind are very welcomed, and in particular, datasets that can be included in this package for academic purposes.
Depends:R (>= 2.10.0), zoo (>= 1.7-2), xts (>= 0.9-7)
License:GPL (>=2)

Citation

citation("hydroTSM")

Vignette

http://cran.r-project.org/web/packages/hydroTSM/vignettes/hydroTSM_Vignette.pdf

Related Material



BugReports

https://www.rforge.net/bugzilla/describecomponents.cgi?product=hydroTSM

What's New?

NEWS/ChangeLog for hydroTSM
--------------------------
0.5-0   05-Aug-2015 (under-development version)
        o repository management moved from SVN to GIT, including rforge.
  ToDo: o citation with DOI is now possible (and new CITATION file).
        o broken links in documentation and DESCRIPTION were removed.
        o `hydrokrige'       : -) 'require(maptools)' was replaced by 'requireNamespace("maptools", quietly = TRUE)'
                               -) calls to `overlay' were replaced by calls to `over' because `overaly' was deprecated in `sp1.1-0.
                               -) new examples about how to get the interpolated values in each cell and polygon when 'type="both"' is used (thanks to Jochen Scholtes !)
        o 'mspplot   '       : 'require(maptools)' was replace by 'requireNamespace("maptools", quietly = TRUE)'
        o `hypsometric'      : fixed (very unusual) error: "Error en integrate(f = f, lower = 0, upper = 1) : maximum number of subdivisions reached"
                               (thanks to Jose Martinez Batlle !)
        o `extract'          : `trgt' argument allows multiple months or years to be selected (when 'class(trgt)  c("integer""numeric")')
        o `fdc'              : -) `cex.lab'  argument is working now (thanks to Elcin Tan !).
                               -) new example about computing streamflow values corresponding to a given percentage of time equalled or exceeded (thanks to Prajjwal Panday !) 
        o `daily2annual.zoo' : fixed bug appeared in R 3.2.x (or 3.1.2) which raised an error for data.frames when 'out.fmt="%Y"': Error in format.default(structure(as.character(x), names = names(x), dim = dim(x),  : 
        o NAMESPACE file     : -) `plot.xts' imported from `xts' package.
                               -) `index' and 'time<-' imported from `zoo' package.
                               -) `over', 'coordinates<-', 'proj4string<-' imported from `sp' package.
                               -) `readShapePoly' imported from `maptools' package.
                               -) Fifty three (53) S3 methods are now registered.
        o DESCRIPTION file   : -) `sp' now requires version >= 1.1-0, because `overlay' was deprecated in that version of `sp'
  ToDo:                        -) `xts' now requires version >= 0.9-8, because the new plot.xts is based on quantmod::chart_Series graphics engine.
                               -) `lattice' package was moved from `Suggests' to `Imports' (use of `levelplot' function in `matrixplot').
                               -) `maptools' package was moved from `Suggests' to `Imports' (use of `readShapePoly' function in `hydrokrige')
                               -) CRAN website removed from URL field in DESCRIPTION file (requested by CRAN).

0.4-2-1 22-Jan-2014 (after CRAN comments)
        o `Author' field was removed from DESCRIPTION file
        o `WhatsNew.txt' file was renamed `ChangeLog'
        o `dwi'    : part of the `Examples' section was marked as `dontrun', because it execution took more than 5 seconds.
        o `mspplot': part of the `Examples' section was marked as `dontrun', because it execution took more than 5 seconds.

0.4-2   21-Jan-2014
        o `fdc'                        : -) `lwd' argument is now used (thanks to Bernard Bisselink !)
                                         -) fixed error raised when some element(s) in x were equal to zero, 'plot=TRUE' and 'log=y' or 'log=xy'
                                            (thanks to David Young !). The error was: 
                                            Error in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log) : `x' and `y' lengths differ
        o `sname2plot'                 : `dates' argument is not required any more
        o `sname2ts'                   : `dates' argument is not required any more
        o `monthlyfunction.matrix'     : `dates' argument is not required any more
        o `monthlyfunction.data.frame' : `dates' argument is not required any more
        o `annualfunction.matrix'      : `dates' argument is not required any more
        o `annualfunction.data.frame'  : `dates' argument is not required any more
        o `seasonalfunction.matrix'    : `dates' argument is not required any more
        o `seasonalfunction.data.frame': `dates' argument is not required any more
        o `daily2annual.matrix'        : `dates' argument is not required any more
        o `daily2annual.data.frame'    : `dates' argument is not required any more
        o `daily2monthly.matrix'       : `dates' argument is not required any more
        o `daily2monthly.data.frame'   : `dates' argument is not required any more
        o `dm2seasonal.matrix'         : `dates' argument is not required any more
        o `dm2seasonal.data.frame'     : `dates' argument is not required any more
        o `hydrokrige.data.frame'      : `dates' argument is not required any more
        o `dwi.data.frame'             : `dates' argument is not required any more
        o 'maptools:::readShapePoly' was replaced by 'maptools::readShapePoly' in all the package (functions `hydrokrige' and `mspplot')
        o 'require(xts)' was removed from `hydroplot'
        o `zoo' package removed from `Imports' and `Enhances' (due to changes in CRAN policies)
        o `xts' package removed from `Imports' (due to changes in CRAN policies)
        o improved vignette

0.4-1   31-May-2013
        o DESCRIPTION : `xts' package was added to the `Imports' section
        o `fdc'       :  truncation of some lines in the PDF manual are fixed now.
        o `sname2plot':  truncation of some lines in the PDF manual are fixed now.

0.4-0   31-May-2013
        o major changes: -) all the functions should now be compatible with sub-daily time series. See details below.
                         -) package is now tested against R 3.0.X
                         -) updated vignette. Now it includes some examples about computation of extreme indices of daily precipitation.
                         -) new dataset: `KarameaAtGorgeQts', with hourly streamflows for the Karamea River(New Zeland), provided by the 
                            National Institute of Water and Atmospheric Research (http://www.niwa.co.nz/), thanks to the kind collaboration 
                            of Shailesh Singh.
                         -) e-mail address of maintainer was changed from the @ing.unit.it to the @gmail.com domain
                         -) DESCRIPTION: new `MailingList' field, indicating the r-sig mailing list to be used for questions related to this 
                            package
 
        o new function: `subdaily2daily' for aggregating sub-daily values into daily ones
        o new function: `subdaily2monthly' for computing monthly values from sub-daily time series        
        o new function: `subdaily2annual' for computing annual values from sub-daily time series 
        o new function: `subdaily2seasonal' for computing seasonal values for every year of a sub-daily time series
        o new function: `hip' for creating a sequence (or counting the number) of hours between two date/time objects   
        o `sname2plot'                 : -) new argument `season.names', to customise the names of the weather seasons used for plotting 
                                         -) default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)  
        o `hydroplot'                  : new argument `season.names', to customise the names of the weather seasons used for plotting 
        o `daily2monthly'              : now it handles sub-daily and weekly values         
        o `daily2annual'               : now it handles sub-daily, weekly and quarterly values      
        o `monthlyfunction'            : now it handles sub-daily values 
        o `dm2seasonal'                : -) now it handles sub-daily and weekly values 
                                         -) improved examples
        o `time2season'                : now it handles "POSIXct" and "POSIXt" values       
        o `seasonalfunction.zoo'       : season names are now correctly given (instead of just numbers) for zoo objects that are matrix/data.frame 
                                         as well
        o `annualfunction.zoo'         : `na.rm' argument is now used when the input zoo object is a matrix/data.frame (previously a single value 
                                          of 1 was artificially introduced to the annual ts of each column when 'na.rm=TRUE', while a single value 
                                          of 0 was artificially introduced to the annual ts of each column when 'na.rm=FALSE') => generally a very 
                                          small difference
        o `dip'                        : more informative error messages  
        o `mip'                        : more informative error messages      
        o `yip'                        : more informative error messages                                                        
        o `monthlyfunction.matrix'     : default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)
        o `monthlyfunction.data.frame' : default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)  
        o `annualfunction.matrix'      : default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)
        o `annualfunction.data.frame'  : default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)  
        o `seasonalfunction.matrix'    : default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)
        o `seasonalfunction.data.frame': default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)                                              
        o `daily2annual.matrix'        : default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)
        o `daily2annual.data.frame'    : default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)   
        o `daily2monthly.matrix'       : default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)
        o `daily2monthly.data.frame'   : default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)  
        o `dm2seasonal.matrix'         : default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)
        o `dm2seasonal.data.frame'     : default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing) 
        o `hydrokrige.data.frame'      : default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)    
        o `sname2ts'                   : default value for `dates' argument was set to 1 (before it was missing)  
        o `zoo2RHtest'                 : broken links were removed and replaced by new ones. Thanks to Gang Dong and Yan Li !
        o NAMESPACE                    : functions from packages zoo and xts are now imported explicitly                


###################################################
# Previous Releases (see old file 'ChangeLog)' #
###################################################

0.3-6   18-Oct-2012
0.3-5   04-Jul-2012
0.3-4   03-May-2012
0.3-3   07-Nov-2011
0.3-2   15-Sep-2011
0.3-1   14-Sep-2011
0.3-0   01-Sep-2011
0.2-2   14-Apr-2011
0.2-1   30-Nov-2010
0.2-0   10-Oct-2010
0.1.7   05-Mar-2009 (It was never released, because it finally becomes v0.2-0)
0.1.6   30-Nov-2009
0.1.5   16-Nov-2009
0.1.4   02-Nov-2009
0.1.3   13-Oct-2009
0.1.2   01-Oct-2009
0.1.1   15-Sep-2009
0.1.0   07-Sep-2009 (but the functions were developed since 2007)

See Also

  • hydroPSO: Model-independent Particle Swarm Optimisation (PSO) for environmental/hydrological models.
  • hydroGOF: Goodness-of-fit functions for comparison of simulated and observed hydrological time series.

Visitors


Note:
  • The previous number of visitors starts on July 21th 2015, due to a mayor crash of the www4 server of ClustrMaps in March 2015.
  • A conservative number of visitors before reseting the counter on July 21th 2015 was provided by Google Analytics (implemented months after ClustrMaps on this site): 4190 visitors  from 118 different countries.